قانون تشکیل هیات امنای دانشگاهها ومؤسسات آموزش عالی وپژوهشی در جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ ۹و۲۳/۱۲/۶۷شورای انقلاب فرهنگی مصوب شد. اولین جلسه  هیات امنای دانشگاههای علوم پزشکی کشور پس از تصویب قانون فوق در دانشگاه علوم پزشکی شیراز تشکیل شد. گرفت . درروز شنبه چهارم / خرداد /۱۳۷۰ با حضور آقایان دکتررضاملک زاده ،‌دکتر سیدضیاءالدین تابعی، دکتر منصور حق شناس ، دکتر غلامحسین امیر حکیمی ، دکتر کریم واعظ زاده و نماینده سازمان برنامه و بودجه کشوراولین جلسه رسمی تشکیل وبر اساس آیین نامه داخلی مصوب ادامه یافت. در تاریخ ۹۹/۲/۳۰ آیین نامه جدید داخلی هیئت امنای دانشگاهها مصوب ومبنای فعالیت هیئت های امنا قرار گرفت.

            مجلس شورای اسلامی با تصویب ماده ۴۹ قانون برنامه چهارم توسعه اداره دانشگاهها را به هیات امنا سپرد.

            در ادامه ماده ۲۰ قانون برنامه توسعه پنجم درتاریخ ۱۵/۱۰/۱۳۸۹  به تصویب مجلس شورای اسلامی  رسید و اداره دانشگاهها را بر اساس قوانین ومقررات مصوب هیات امناء تعیین کرد.

           مجلس شورای اسلامی با تصویب  ماده ۱  قانون احکام دائمی  برنامه های  توسعه ششم کشور در تاریخ ۱۰/۱۱/۱۳۹۵ بر مصوبات قبلی مهرتائید وتاکید زد ومصوب نمود :دانشگاهها ... بدون رعایت قوانین و مقررات عمومی حاکم بر دستگاههای دولتی به‌ویژه قانون محاسبات عمومی کشور، قانون مدیریت خدمات کشوری، قانون برگزاری مناقصات و اصلاحات و الحاقات بعدی آنها و فقط در چهارچوب مصوبات و آیین‌نامه‌های مالی، معاملاتی، اداری، استخدامی و  تشکیلاتی مصوب هیأت امنا که حسب مورد به تأیید  وزیران علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و در مورد فرهنگستان‏ها به تأیید رئیس‌جمهور و در مورد دانشگاهها و مراکز آموزش عالی و  تحقیقاتی وابسته به نیروهای مسلح به تأیید رئیس ستاد کل نیروهای مسلح می‌رسد، عمل می‌کنند.